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基因数据处理50之cs-bwamem、bwa、snap、bwa-mem与art比较

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-09 热度：142

直接看结果：（1）art仿真数据： hadoop @Master :~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem $ cat G38L100c50Nhs20 .aln ##ART_Illumina read_length 100 @CM art_illumina -ss HS20 -i GRCH38chr1L3556522 .fna -l 100 -c 50 -o G38L100c50Nhs20 -rs 1[详细]
基因数据处理45之cloud-scale-bwamem安装（compile.pl安装有问题

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-09 热度：120

脚本： hadoop @Master :~/xubo/tools/cloud-scale-bwamem $ cat compile.pl #! /usr/bin/perl system "mvn clean package" ;chdir "./src" ;system "mvn package -PotherOutputDir" ;chdir "./main/jni_fpga" ;system "mvn package -PotherOutputDir" ;chdi[详细]
基因数据处理47之ART基因序列数据生成器（仿真）

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-09 热度：104

1.概念： ART基因序列数据生成器详细请见论文：【1】和官网【2】 2.下载： ART-bin-GreatSmokyMountains-04.17.16-Linux64.tgz http://www.niehs.nih.gov/research/resources/assets/docs/artbingreatsmokymountains041716linux64tgz.tgz 3.配置 sudo cp到[详细]
基因数据处理49之cloud-scale-bwamem运行成功

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-09 热度：144

1.先使用art生成数据：请看前一篇 2.上传fastq到hdfs： hadoop @Master :~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem $ spark-submit -- class cs . ucla . edu . bwaspark . BWAMEMSpark -- master local [2] / home / hadoop / xubo / tools / cloud - s[详细]
基因数据处理48之ART使用实例

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-09 热度：156

相关参数请见上一篇 1.使用实例1： hadoop @Master :~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem $ art_illumina -ss HS20 -i GRCH38chr1L3556522 .fna -l 100 -f 20 -o G38L100F20Nhs20 ==================== ART ==================== ART_Illumina ( 200[详细]
求0至大数之间的随机数

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-09 热度：101

题目：给定一个String类型的大数(非负整数)，不能直接转化为Integer，类似如下要求 The numbers can be arbitrarily large and are non-negative. Converting the input string to integer is? NOT ?allowed. You should? NOT ?use internal library such as[详细]
BZOJ 1670 [Usaco2006 Oct]Building the Moat护城河的挖掘

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-08 热度：52

Description 为了防止口渴的食蚁兽进入他的农场，Farmer John决定在他的农场周围挖一条护城河。农场里一共有N(8=N=5,000)股泉水，并且，护城河总是笔直地连接在河道上的相邻的两股泉水。护城河必须能保护所有的泉水，也就是说，能包围所有的泉水。泉水一定在[详细]
??攻略｜13招神技让你在数据科学和数据分析工作中脱颖而出

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：184

简介：我有幸在很早参与了一个大数据科学项目，我非常喜欢其中的工作，甚至我意识到我的努力可以增加一些公司的价值。然而，可悲的是，只有不到30%的数据科学项目最终实施了。我备受打击的意识到我的努力被浪费了。但是，我不是唯一的一个。几乎，每一个分[详细]
基因数据处理46之cloud-scale-bwamem安装（compile.pl安装没问题

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：170

版本：https://github.com/ytchen0323/cloud-scale-bwamem/releases/tag/v0.2.1 1.需要设置spark路径： !--systemPath/cluster/spark/spark-1.3.1-bin-hadoop2.4/lib/spark-assembly-1.3.1-hadoop2.4.0.jar/systemPath -- systemPath /home/hadoop/cloud/spa[详细]
基因数据处理44之cloud-scale-bwamem安装

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：199

cloud-scale-bwamem是在spark等云环境上实现bwa-mem算法，加速对全基因组匹配的处理 1.下载： git clone https: //github.com/ytchen0323/cloud-scale-bwamem.git 2.编译： mvn clean package 3.编译成功： [INFO] ----------------------------------------[详细]
基因数据处理51之cs-bwamem集群版运行*

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：65

将master的local改为集群就可以了。集群运行结果：问题：匹配50条的时候，bwa和snap都是生成50条。但是cs-bwamem会生成492条，其中25和50条重读的很多，匹配位置不同。不知道为啥？记录： D: 1 win7javajdkbinjava -Didea.launcher.port= 7538 "-Di[详细]
《剑指offer》:[16]打印1到最大的N位数

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：107

题目：输入数字N，按顺序打印从1到最大的n位十进制数。比如输入3，则打印出1、2、3一直到最大的三位数即：999. 乍一看这个题目很简单，我们很快就会写出下面的代码： void onetoN(int n){int number=1;for(int i=0;in;i++){number*=10;}for(int i=1;inumber;[详细]
基因数据处理52之cs-bwamem集群版运行（1千万条100bp的reads）

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：71

1.art生成模拟序列： art_illumina -ss HS20 -i GRCH38BWAindex/GRCH38chr1L3556522 . fna -l 100 -c 10000000 -o g38L100c10000000Nhs20 2.上传到hdfs，制定partition数 spark-submit --class cs .ucla .edu .bwaspark .BWAMEMSpark --master spark://maste[详细]
NDK开发 - JNI数组数据处理

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：134

很多时候利用 NDK 开发都是为了对数据进行加密操作，因为单纯的 Java 太容易被反编译了，加密算法也就很容易被破解，而利用 C/C++ 开发可以加大破解难度。文件的数据加密就需要通过 byte 数组传给 JNI。传送门： NDK开发 - JNI数组数据处理 JNI 中的数组分[详细]
利用BI搭建零售业数据信息平台

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：153

某百货公司是全市规模最大的以零售为主、多元化经营的股份制商业企业。拥有员工数千人，经营国内外品牌2300余种，年商品销售额逾10亿人元。销售体量如此庞大的企业近几年在IT建设上出现了问题，集团内部的信息化数据有些跟不上业务扩张的步伐。虽然该集团很[详细]
基因数据处理70之Picard安装没成功

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：136

1.下载： https://github.com/broadinstitute/picard.git 2.安装： hadoop@Master:~/xubo/tools/picard$ ant clone-htsjdkBuildfile: /home/hadoop/xubo/tools/picard/build.xmlclone-htsjdk: [exec] Cloning into 'htsjdk'... [echo] Checking out HTSJDK t[详细]
OBIEE RPD开发

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-07 热度：51

A parent-child hierarchy is a hierarchy of members that all have the same type. This contrasts?with level-based hierarchies,where members of the same type occur only at a single level of the?hierarchy. The most common real-life occurrence[详细]
推荐 | 9个最佳的大数据处理编程语言

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：80

大数据的浪潮仍在继续。它渗透到了几乎所有的行业，信息像洪水一样地席卷企业，使得软件越发庞然大物，比如Excel看上去就变得越来越笨拙。数据处理不再无足轻重，并且对精密分析和强大又实时处理的需要变得前所未有的巨大。那么，在巨大的数据集中进行筛选[详细]
基因数据处理36之qc-metrics安装

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：81

更多代码请见：https://github.com/xubo245/SparkLearning Spark中组件Mllib的学习之基础概念篇 1解释 Read and variant metrics,useable for pipeline quality control purposes qc-metrics主要是用于read和变异的度量，流水线质量控制的目的 2.代码： git[详细]
基因数据处理34之使用samtools和bcftools进行变异分析

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：116

1.指令：（1） samtools mpileup -vf Homo_sapiens_assembly19chr20 .fasta NA12878_snp_A2G_chr20_225058 .sorted .bam NA12878_snp_A2G_chr20_225058 .variants 或者： samtools mpileup -vf Homo_sapiens_assembly19chr20 .fasta NA12878_snp_A2G_chr20_[详细]
推荐系统技术 --- 文本相似性计算（二）

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：112

第一篇地址：推荐系统技术之文本相似性计算（一）上一篇中我们的小明已经中学毕业了，今天这一篇继续文本相似性的计算。首先前一篇不能解决的问题是因为我们只是机械的计算了词的向量，并没有任何上下文的关系，所以思想还停留在机器层面，还没有到更高的[详细]
基因数据处理37之bdg-formats编译成功

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：135

更多代码请见：https://github.com/xubo245/AdamLearning 1解释 bdg-formats是在spark平台上用avro定义的基因处理的数据格式，包括read、sam、vcf、databaseannotion在云平台上的格式，主要用于Adam系统中 2.代码：【2】下载编译： mvn clean package -Dsk[详细]
《hadoop进阶》PeopleRank从社交关系中挖掘价值用户

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：114

转载请注明出处：转载自? Thinkgamer的CSDN博客： blog.csdn.net/gamer_gyt 代码下载地址：点击查看 1：PageRank 与 PeopleRank 2：需求分析：挖掘CSDN博客的价值用户 3：算法模型：PeopleRank算法 4：架构设计：从数据准备到PR算法的MR化 5：程序开发：had[详细]
XTU 1247 Robb#39;s Problem

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：154

Robb’s Problem [ Submit Code ] [ Top 20 Runs ] Acceteped : 48 ? Submit : 335 Time Limit : 1000 MS ? Memory Limit : 65536 KB ? Description Robb’s Problem 题目描述 Robb想知道阶乘 n ! 第 m 位数码是什么？输入第一行是一个整数 T , ( 1 ≤ T[详细]
基因数据处理38之dbSnpId到omimId的映射表

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-06 热度：99

1.下载：首先收到【2】，来源是【2】【1】中有描述： You can also get those SNPs with an OMIM ID number by downloading from the dbSNP FTP site: the OmimVarLocusIdSNP table contains the information you need for your organisim of interest (hu[详细]

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